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日報(不定期)

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2026.04.01

D2になった(多分)。

1週間ちょっと、朝に論文を読むようしていて気づいたこと。

  • Abstractを読むのに5分、Introductionを読むのに大体30〜40分程度かかるかな。どちらもAIにpdfを投げて和訳させているけど、原文と見比べながら読み進めています。Geminiだとpdfを表示してくれるし、他のAIチャットなら「原文も出力して」と言えばいいと思います(もちろん横にPreviewウィンドウ開いたり、iPad開いたりしてもOK)。多分和訳してなくても同じくらいの時間で読めるけど、ひらがな・漢字で見ると文字の形から注意するべき箇所がぱっと見でわかりやすい気がします。

  • Materials & Methodsは和訳してもわからないこともあります。細かい手法の部分が難しかったり、統計的な処理に疎かったり・・・。基本的にはAI和訳を読んだり、まとめてもらった要点を読んでいます。結構時間がかかります(次のResults & Discussionと合わせて〜1時間くらい)。正直、全ての論文で手法の細かい部分をチェックする必要はないんじゃないかな、と思っています。使ったデータとかモデルは気になるので、特に気をつけて読んでいます。

  • Resultsは図表をまず目で見てみて、どういう結果か想像してから(先にAbstractを読んでいるので大体わかりますが)、「Figureの説明を論文に書いてある内容から説明して」というようにAIにまとめてもらってそれを確認しています。DiscussionもAI和訳を中心に読んでいて、要点をまとめてもらいます。

  • 次に読むべき文献は、主に、Introductionをざっと見たときにギュッとまとまっていたりする(=レビューパート)から探したり、手法や考察で引用されているものから探したりしています。

  • 金曜日はバイトがあるのでサボってしまって、土日は休んで、火曜日もバタバタしていてサボってしまいました。サボった日はどちらもきちんとやれば、時間を捻出できたのは間違いないので反省しています。

    • 前の週の金曜または土日のうちに次の週に読む論文を選んでおくのが大事な気がします。印刷しておいて、ベッド横に置いておこうかな。紙で読んだほうがやる気が出そうだけど、結局AIを使って読み進めるのでpdfで見るほうが便利だったりします。
  • どの程度AIを使いながら論文を読むかというのは結構難しくて、「全く使わない」もしくは「AIに全て頼る」という極端な選択はするべきではないと思っています。使うべきところ(が難しい)で使うのが吉です。

2026.03.20

筑波大・白木先生という方の記事を読んでいて、先生のラボでは毎朝9時から「朝輪(あさりん)」というものをゼミ生全員で行っているらしい、と知った。朝輪のおかげでMasterの学生が卒業までには1stで2本の論文を投稿しているとかしていないとか・・・。そんな研究室があるのか、と衝撃を受けたけど、「院生は新聞を読むように日課として論文を読んでいないといけない」というのは太田研でもたまに言われていることで、日課としては論文を読むことのできていないため耳が痛い思いであった。

朝輪ではまず1)要旨を5分程度の時間をかけてじっくりと読み、目的と3つほど並んでいる結果、著者が最も言いたいことを理解する。次に2)イントロをパラグラフリーディングして(鑑賞するようにチェックしていき)誰かが30秒ほどで解説したあと、3)図表を中心に結果を読んでいく(内容が難しければ本文に戻ってよい)、というものである。だいたい全体で30分(+議論・感想戦10分)程度とのこと。

太田研でこれをやるのは難しいように思うが、自分ひとりでもやっていこうと考えている。

2026.02.27

ET\mathrm{ET}GPP\mathrm{GPP}の関係を紐解くのがかなり難しい・・・。やっぱり各モジュールごとにテストみたいなものを作って、それぞれの正確性が担保されている上で、結合部分を一つずつチェックしてくしかないのかな。そうするとやってることはWeb開発と同じような感じだけど、シミュレーションモデルはそんなに甘くない気がする。どうして物理計算を繋げてるだけなのにこんなに不整合が起きるんだよ〜〜。

2026.02.26

午前中にゼミがあった。3月頭に生態学会に向けた研究指導をお願いしますと伝えておいた。

2026.02.25

実験ノートをきちんと取れるようにSTEPリポとTEMリポを紐付けたよ。

  • TEM: Issueを作る(テンプレートも作成したよ)
  • STEP: ブランチを切って実験・修正(この時作成したIssueにブランチ名とかをEditで書き込んどくよ)
    • 何かノートにとることがあれば、Issueのコメントを追加していくよ
  • STEP: 終わったらPRを作成するよ(EndoTaishi/TEM25AW26SS#XX をリンクするよ)
  • TEM: Issueを閉じるよ

2026.02.24

数日前からLAIのプロセスベース実装を続けてたよ。昨日までの時点で光合成速度の計算ロジックのどこかに問題があることがなんとなくわかってたけど、結局一番影響のデカかった修正は葉内二酸化炭素濃度(Ci\mathrm{C}_i)の計算のところで、単位を変換し忘れていたことだったよ。10e9くらいオーダーが違かったから、まあそりゃね・・・って感じだったよ。でも気づいたあとは嬉しかったよ! あとは、これまで同じブランチにいろいろな修正を詰め込んじゃってたから、最後30+のコミットをまとめることになって、1つのPRにめっちゃ色々修正入る感じになっちゃったよ。これからは1PR=1変更としていきたいと思ったよ。

シミュレーションモデルだといろいろな変数をターミナルに出力しまくってると、どうせ読めないから意味がないんだけど、外側からAIに監視させたら今回のCi\mathrm{C}_iのおかしな点にも気づけたりしたんじゃないかなって思ったよ。次は、初夏の頃に生産力が上がりきらないことを修正しないといけないよ。ポスターも並行して作成していくよ。